میکروبیوم روده مجموعه‌ای از میلیاردها باکتری، ویروس، قارچ و دیگر میکروارگانیسم‌ها است که در دستگاه گوارش انسان زندگی می‌کنند. این میکروب‌ها نه‌تنها به هضم و جذب مواد مغذی کمک می‌کنند، بلکه نقش مهمی در تقویت سیستم ایمنی، تنظیم متابولیسم بدن و حتی تأثیر بر سلامت ذهنی دارند.